Hibernation : de fin octobre à début avril, les chauves-souris hibernent dans une diversité de sites pouvant être très surprenant,  et cela dès qu'ils remplissent des conditions d'isolement, de température et d'hygrométrie à leur convenances, qui sont plus ou moins spécifique à chaque espèce. Afin d'éviter le dérangement, le gel et la dessiccation, elles choisissent le plus fréquemment des cavités naturelles ou les espaces souterrains réalisés par l'homme. Après avoir accumulé des réserves énergétiques sous forme de graisse durant l'automne, elles tombent dans une profonde léthargie, leur rythme cardiaque passe d'environ 800 en activité, pour 500 au repos à seulement 10 à 80 battements par minute. Leur respiration devient imperceptible, avec des arrêts de plus de soixante minutes. Sa physiologie lui permet de faire varier sur une grande amplitude sa température. Les spécialistes les qualifient d'endotherme hétérotherme, plutôt qu'homéotherme, à l'exemple de l'homme (homéotherme endotherme) dont l' organisme s'efforce de garder sa température intérieure constante, car son métabolisme ne supporte pas les écarts de températures. Dans une autre catégorie à ne pas confondre, le lézard est ectotherme ou poïkilotherme, il n'a pas de système de régulation interne et sa température est dépendante du milieu extérieur. En hibernation, les chiroptères  maintiennent  leur température interne à un ou deux degrés au dessus du milieu ambiant, soit une température léthargique entre 0°C et 15°C ( 20°C en éveil et 40°C en activité). Enfin, les chauves-souris grégaires peuvent se regrouper en essaim monotype ou à plusieurs espèces, elles diminuent ainsi leurs pertes caloriques. Leur léthargie peut-être entrecoupée de courtes phases d'activités "physiologiques" : elles défèquent, urinent, voire s'alimentent si possible ( avec des papillons nocturnes plus robustes au froid ) et elles peuvent même changer de gîte. Mais la multiplication des réveils a un coût énergétique et tout dérangement intempestif lui sera fatal. Soit elle n'aura plus assez de réserves calorique pour tenir jusqu'au printemps, soit plus assez de force pour chasser et pouvoir se réalimenter correctement. Il est donc impératif de ne pas déranger les chiroptère durant cette phase.

Reprise d'activités : le printemps annonce leur reprise d'activités coordonné également au réveil ou l'éclosion des insectes. En effet les chauves-souris sont  très sensibles à la moindre élévation de température. Leur odorat et l'humidité peuvent aussi jouer un rôle qui "shunterait" son horloge interne. La fin de sa léthargie programmée est donc aussi variable en fonction des stimuli environnementaux. Elles transitent alors vers des gîtes d’été. En fonction de la longueur de leurs déplacements, on parle d'espèces sédentaires ou migratrices. Les records de distances (plus de 1500 Km) sont détenus par des Noctules et la Pipistrelle de Nathusius.

Colonies de maternité : à partir de avril à juin, les femelles se regroupent pour la mise  bas. Chez la plupart des espèces européennes, les mâles sont alors dispersés et isolés. Plus rarement, certains se regroupent , ou  peuvent être présents minoritairement dans les nurseries. Les premières naissances ont lieu en juin avec le plus souvent un seul petit, voir deux à trois jeunes selon l'espèce. Ensuite, ils sont allaités durant trois semaines à un mois. A partir  d'août c'est l'apprentissage du vol et l'émancipation des juvéniles. En septembre les colonies se dispersent.

Accouplement : durant le rut les mâles balisent vocalement un territoire et "chantent" pour attirer les femelles. Les accouplements, souvent polygyniques (en harem) ont lieu pour les plus précoces à la fin de l’été. Mais la copulation peut se prolonger jusque dans les quartiers d'hivers. La période  qui suit est exceptionnelle pour ce mammifère. En effet la femelle peut stocker le sperme jusqu’au printemps (soit près de 6 mois). Après  la fécondation qui aura donc lieu l'année qui suit, elle peut modifier son temps de gestation (de 30 à 75 jours) en fonction des conditions climatiques et de l'abondance de nourriture. Le gîte d' accouplement pouvant être intermédiaire, elles se déplacent ou migrent à nouveau vers les sites d'hibernation. Enfin, avant la disparition des insectes à l'orée de l'hiver, les chiroptères, comme tous les animaux hibernant, doivent constituer des réserves caloriques. Ils chassent donc activement ...

Classement : on distingue à l'origine trois catégories de chiroptères (des chauves-souris chevauchent néanmoins ces catégories de façon opportune) : les forestières qui peuvent réaliser un cycle complet dans ce milieu, les cavernicoles ou troglophiles qui accomplissent le cycle en milieu souterrain et les anthropophiles qui adoptent pour la reproduction et l'hibernation nos habitations.

Nurseries : pour se reproduire, l'odorat joue un grand rôle dans l'identification des femelles par les mâles et du petit par sa mère.  Ce dernier reste groupé avec les autres petits au gîte lorsqu'elle part en quête de nourriture (le transport des petits reste occasionnel en cas de dérangement). Elle le retrouve grâce à son odeur. On sait que dans certaines nurseries les mères ont recours à un système de garde (baby sitting).  Cependant malgré les soins de la mère, le taux de mortalité des petits est assez important (les jeunes tombés au sol sont abandonnés), alors que celui de la natalité est déjà ridicule (1 à 3 bébés pour une porté par an) comparé à celui d'une souris par exemple. Toutefois leur maturité sexuelle est précoce ( 1 à 2 ans) et leur longévité est étonnante, puisque certain spécimen atteigne 30 ans...

Exception à l'exceptionnelle, le phénomène de reproduction différé : alors que pour pratiquement toutes les espèces, les spermatozoïdes déposés par le mâle, sont stockés et conservés intacts par la femelle, pendant toute la période d’hibernation, le Minioptère de Schreibers déroge quant à lui à cette règle. L’ovule est fécondée immédiatement. C'est un "oeuf" qui attendra l'implantation pour débuter son développement embryonnaire proprement dit au printemps.

La naissance : durant la période du développement embryonnaire une température élevée (plus de 30°C) est nécessaire, ce qui explique l'importance de ces rassemblements, l'essaim formant un accumulateur thermique. En cas de température insuffisante la chauve-souris entre  en léthargie et la gestation qui s'échelonne en fonction des espèces sur six à huit semaines peut être prolongée. L'arrivée de la naissance est souvent diurne car il  fait plus chaud. Pour l'accouchement, la femelle prend une position caractéristique en s'accrochant avec ses quatre membres. L'uropatagium peut faire office de réceptacle pour le nouveau né qui est toiletté  par sa mère ce qui l'imprègne d'une trace olfactive. Le petit vient ensuite se fixer au téton. Sa croissance est rapide. Après quelques jours ils se déplacent avec les yeux ouverts et l 'allongement des ailes aux niveaux des phalanges est remarquable. Ils volent au bout de 3 à 5 semaines, et  ils sont sevrés dès qu'ils peuvent chasser des insectes. Les femelles peuvent alors quitter le gîte pour  l'accouplement, avant d'entrer en hibernation. Les jeunes partiront de la maternité plus tard et c'est durant cette période que le taux de mortalité est le plus critique,  pouvant atteindre cinquante pour cent.